Zgodnie z ustawowymi uprawnieniami, ZUS prowadzi kontrole zarówno pod kątem prawidłowości orzekania o czasowej niezdolności do pracy, jak i prawidłowości wykorzystania zwolnień lekarskich.
Zakład prowadzi kontrole wśród osób, którym sam wypłaca świadczenia, a także na wniosek zainteresowanych pracodawców. Pracodawcy zatrudniający powyżej 20 osób mają również prawną możliwość samodzielnej formalnej kontroli zwolnień lekarskich oraz kontroli ich wykorzystania.
W 2015 roku Oddział ZUS w Biłgoraju, obejmujący swoim działaniem powiaty i gminy z terenu Biłgoraja, Zamościa, Hrubieszowa, Tomaszowa Lubelskiego, Janowa Lubelskiego, Chełma, Krasnegostawu i Włodawy, przeprowadził 1 326 kontroli prawidłowości wykorzystywania zwolnień lekarskich od pracy. W konsekwencji wydanych zostało 129 decyzji wstrzymujących wypłatę zasiłków chorobowych i świadczeń rehabilitacyjnych na kwotę 165,7 tys. zł.
W zakresie orzekania o czasowej niezdolności do pracy oddział wstrzymał dalszą wypłatę zasiłku chorobowego w 136 sprawach na kwotę 54,6 tys. zł.
Ustawa o świadczeniach pieniężnych z ubezpieczenia społecznego w razie choroby i macierzyństwa nakłada na Zakład Ubezpieczeń Społecznych również obowiązek obniżenia podstawy wymiaru zasiłku chorobowego i świadczenia rehabilitacyjnego w przypadku, gdy ustał tytuł do ubezpieczenia. Wysokość świadczenia jest ograniczana w tym przypadku do 100 proc. przeciętnego miesięcznego wynagrodzenia w kraju. Z tego powodu od stycznia do grudnia 2015 roku obniżono wypłaty o 967,3 tys. zł dla 178 osób.
Kolejnym z powodów ograniczenia wysokości wypłacanego świadczenia chorobowego jest dłuższe niż 7-dniowe opóźnienie w przekazaniu zwolnienia lekarskiego pracodawcy. Świadczenie w kwocie zmniejszonej o 25 proc. wypłacane jest od ósmego dnia niezdolności do pracy do czasu dostarczenia zwolnienia. Biłgorajski ZUS w 2015 r. obniżył zasiłki w 599 sprawach na sumę 40 tys. zł.
Łącznie kwota obniżonych i cofniętych świadczeń pieniężnych z ubezpieczenia społecznego w razie choroby i macierzyństwa 2015 r. wyniosła 1,2 mln zł.