Na przestrzeni kilku ostatnich lat staraniem ks. Proboszcza, udało się odnowić zabytkowe wyposażenie kościoła (m. in. ołtarze z naw bocznych, obrazy, ambonę ) oraz zakończono prace konserwatorskie i restauratorskie przy polichromii ścian i sklepień, włączając w to detal architektoniczny wnętrza całego kościoła.
Ołtarz znajdujący się w prezbiterium kościoła w Tarnogrodzie został wykonany dla kolegiaty w Zamościu wg projektu architekta Willema van den Bolcke, - przez snycerza Fabiana Möllera w 1635 r.
W I poł. XVII w. - Fabian Möller uchodził za jednego z najlepszych snycerzy na ziemiach polskich. Jego autorstwu przypisuje się m.in. stalle z prezbiterium Kościoła Mariackiego w Krakowie.
Ołtarz główny zwany również wielkim - swą strukturą nawiązuje do Łuku Tryumfalnego. Wedle zamówienia i ostatniej woli Jana Zamoyskiego - Hetmana Wielkiego Koronnego, w ołtarzu zostały umieszczone obrazy z przedstawieniem patronów fundatora - św. Jana Ewangelisty oraz św. Jana Chrzciciela. O tych obrazach pisaliśmy wcześniej.
W polu głównym znajduje się znakomita późniejsza kopia obrazu Rafaela - Przemienienie Pańskie. Natomiast w zwieńczeniu został umieszczony obraz z wyobrażeniem Boga Ojca.
Ołtarz główny został przeniesiony za sprawą ks. Baltazara Dulewskiego w II poł. XVIII w., z kolegiaty zamojskiej do nowo wybudowanego kościoła fundacji Jana Jakuba Zamoyskiego w Tarnogrodzie. Tam najprawdopodobniej został odświeżony za pomocą zmiany kolorystki szafy - na kolor biały, który bardzo dobrze wpisywał się w ówczesną modę.
Badania konserwatorskie przeprowadzone w latach 70. ubiegłego wieku wykazały, że szafa ołtarza pierwotnie była złocona. W trakcie prac konserwatorskich i restauratorskich wykonanych na przełomie lat 70. i 80. XX wieku, nie zdecydowano się powrócić do pierwotnej kolorystyki ołtarza, prawdopodobnie z powodu braku środków i materiałów. Głównym celem prac restauratorskich podjętych w roku 2021 było przywrócenie oryginalnej kolorystyki szafy ołtarzowej - tj. złoceń. Pracom konserwatorskim i restauratorskim zostały poddane również elementy dekoracyjne - aplikacje w postaci ornamentów, girlandy, putta, figury aniołów, kartusze herbowe, figura Matki Bożej. Obrazy zostały poddane przeglądowi konserwatorskiemu i zabezpieczone.
Wykonane i odebrane prace zostały dofinansowane z budżetu MKiDN, Funduszu Kościelnego, budżetu Wojewody Lubelskiego, którego dysponentem jest Lubelski Wojewódzki Konserwator Zabytków, a także środków własnych inwestora.